В каком случае факт согласования условий договора можно подтвердить письмом, полученным по электронной почте?

Все условия договора должны быть указаны в самом договоре.
Если какие-то условия изменяются после подписания договора, они оформляются протоколом разногласий, подписанным (и заверенным печатью, если это организация) с обеих сторон.
Так что по электронке - никак.