может ли быть у черепахи мягкий панцирь? И почему он таким может стать ?

Либо черепашка очень маленькая, тогда это нормально. Либо - нарушения в обмене кальция и фосфора. Не обязательно нехватка, но нарушения - однозначно. Наладьте УФ, купите Тривит или подобный препарат с витаминами. На корм сыпьте Рептокал, Рептолайф или просто молотую скорлупу или куриные кости. Температуру отрегулируйте.

потому что не пользовалась колгейтом с кальцием

Здравствуйте! Понос может быть вызван многими причинами, в том числе паразитарной инвазией (гельминты, простейшие) . Постарайтесь обратиться за осмотром к ветеринарному врачу-герпетологу (сдадите анализы - начнете лечение).