Может ли специальное транспортное средство выполнить функцию транспортной тары? ...

Может.
Если вы обеспечили защиту продукции от повреждений и потерь, воздействий окружающей среды, загрязнений; если процесс обращения продукции состоялся, значит ваше специальное транспортное средство выполнило функцию транспортной тары.

http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:nRsuobsUzWcJ:www.stalkergroup.ru/normative/index/index/id/2+&cd=1&hl=ru&ct=clnk&gl=ru
под упаковкой понимается средство или комплекс средств, обеспечивающих защиту продукции от повреждений и потерь, окружающей среды, загрязнений, а также обеспечивающих процесс обращения. Тара – это основной элемент упаковки, представляющий собой изделие для размещения продукции.

Транспортная тара – это деревянные поддоны, ящики и обрешётки, коробки и ящики из фанеры и гофрокартона (многослойного картона) , защитные уголки из гофрокартона.