При зачислении в таможню, требуется ли проходить медкомиссию? Как проходит осмотр?

на любую работу нужно проходить медкомиссию

Если на гос гражданскую службу - то не надо ВВК проходить,
если на правоохранительную - пошлют на прохождение ВВК в больницу ФТС. Комплексная проверка здоровья, как в военкомате примерно. Хирург, терапект, окулист, психиатр и т. д и т. п.