1С 8.2 в отчете по 2-НДФЛ для налоговой не все месяцы попадают в справку, почему?

либо не начислено ничего в те месяцы, либо прога лажает.
Кто ставил - там и спрашивайте.

А это Вы в обслуживающем центре спросите.

Может были выплаты, которые не отражаются в справке 2-НФДЛ, например пособие на рождение, на погребение, пособие по беременности и родам.