Скажите, как проводится инвентаризация кредиторской задолженности с бюджетом по налогам на предприятии?

Вам нужно в налоговой взять или акт сверки или справку по задолженности. В акте будут ваши начисления и ваша оплата. В справке только долг или переплата.
При инвентаризации расчетов с бюджетом и внебюджетными фондами
происходит сверка данных бухгалтерского учета по счетам 68 «Расчеты по
налогам и сборам» и 69 «Расчеты по социальному страхованию и
обеспечению» с суммами налогов, исчисленных в декларациях, а также с
суммами, перечисленными в оплату налогов и сборов. Кроме того, по
неуплаченным в срок налогам необходимо проверить исчисление пеней и их
уплату, а также штрафных санкций.