Это вопрос скорее философский, чем естественно-научный. Да, химия взята из природы, но искусственно инициированные реакции порождают несвойственную природе концентрацию веществ в одном месте. Только это и "портит среду".
Впрочем, фраза "портить среду" - тоже скорее философская. Тут смотря, как относиться, с чьей точки зрения. Среду проживания человека портит все, что ее изменяет Но если считать человека не пупом Вселенной и венцом творения, а всего лишь частью и детищем той же самой природы, то никакого "вреда среде" нету! Среда просто меняется. Она, возможно, и становится вредной для человека, но природе на это плевать. Если человек загнется или вовсе исчезнет из-за перемен среды обитания, то природа-то не исчезнет. Она изменится, приобретет другие формы, но она останется природой. Пусть даже без человека. Пусть даже без ВСЕГО живого - ну и что ж. Ядерный взрыв - это ТОЖЕ природа, и притом очень красивая. Просто не надо считать самого себя лучшим и любимейшим чадом природы. Не будет человека - ну и не надо, природе от этого ни жарко ни холодно. Она все равно найдет еще уйму способов самовыражения