Может ли отец официально выплачивать алименты через бухгалтерию пред-тия на котором работает без обращения матери в суд?

Да.

Лицо, выплачивающее алименты, может обратиться в бухгалтерию своей организации с заявлением с указанием счета получателя, на который должны производиться перечисления. К заявлению необходимо приложить копию добровольного соглашения или исполнительный лист.

если Вы хотите именно официально, но минуя исполнительный лист, который выдается судом, то лучше сделать у нотариуса соглашение об уплате алиментов, где четко будет прописано что это АЛИМЕНТЫ, а не непонятно что (мат. помощь, просто переводы денег) . На основании этой бумаги Ваш бухгалтер будет переводить жене именно алименты. Если это будет просто на основании вашего письменного заявления, то вряд ли.

Он может написать заявление в бухгалтерию и алименты буду высчитывать и отправлять по указанному адресу.

Никакого соглашения не надо. Просто прийти в бухгалтерию и написать заявление.