Какие отличия между ФАПами примаемыми правительством и министерством транспорта? ФАП - федеральные авиационные правила.

А кто такой министр, подписывающий эти самые "ФАПы"? Он что же: не входит в состав правительства?

И..., собственно, какие конкретно отличия Вас интересуют?

Ваш вопрос сформулирован из рук вон... И не удивительно, если министра Вы не считаете членом правительства.