PHP-код транслируется в опкод (байт-код виртуальной машины PHP) и этот опкод кэшируется в opcache. Так что если opcache в настройках PHP включён, то никакой "загрузки в память каждый раз" нет: оттранслированный при первом обращении к сайту PHP-код при следующих обращениях берётся из кэша. Так что время запуска скрипта практически не зависит от его размера.
Но ещё более эффективно - делать систему, в которой PHP-код НЕ "умирает". Сейчас всё большую популярность получают веб-серверы и фреймворки, в которых PHP-код работает в режиме 24/7.
Например: https:// github.com/spiral/roadrunner
Разделять функционал на компоненты нужно не для ускорения запуска, а для упрощения кода. Вносить изменения в огромный монолит намного сложнее, чем в набор простых модулей, каждый из которых имеет свой функционал, никак не пересекающийся с функционалом других модулей.