Заказчик, очевидно, не хочет видеть вашу компанию в числе участников размещения своего заказа.
Если есть документальный ответ заказчика о том, что ваша конкурсная документация не принята, и в извещении электронное письмо с ЭЦП указывается как способ подачи заявок на участие, я бы рекомендовал обратиться в ФАС, представив на съёмном носителе отправленное письмо и пришедшее уведомление о прочтении.
В качестве съёмного носителя рекомендую использовать компакт-диск. Записывайте в режиме без возможности дописывать на диск. Используйте диск, на котором указан серийный номер, присвоенный заводу. В заявлении в ФАС помимо копии ответа от заказчика укажите серийный номер передаваемого компакт-диска и имена записанных на него файлов с указанием того, что находится в каждом из файлов. Также, в обращении в ФАС сообщите инвентарный номер компьютера, на который пришло письмо. Укажите, что согласны на осмотр компьютера представителем ФАС.
К моменту осмотра обеспечьте на осматриваемом компьютере отсутствие нарушений по линии лицензирования ПО и обработки персональных данных.