имеет ли право организация устанавливать свой уровень накладных и плановых расходов а также уровень заработной пла

Если организация - самостоятельная - то только она и может установить эти показатели.
Система оплаты труда - компетенция работодателя.

За исключением строительных компаний, выполняющих работы по заказам бюджетных организаций (там всё делается на основании утвержденных в регионе норм (ТЕР, ФЕР, ЕРЕР и т. п. ( там уровень накладных и плановых утвержден, ФОТ тоже))

Обязана