Смотря где и какой характер спора. В Вашем случае как я понимаю Вам следует обратиться в Арбитражный суд, а в районный или городской зависит от местоположения банка и вашей прописки.
в суд
Смотря какой предмет спора (суд, роспотребнадзор, прокуратура)
Есть юридические конторы специализирующиеся как раз на этом. Обратитесь туда. Если дело дойдёт до суда, то в суд можете отправить представителя из этой конторы, чтобы самому на суде нервы не трепать.
Смотря какой спор. Раскройте тему подробнее.
Вообще на ваш вопрос Вы ответили сами. У Вас спор. А все споры решаются только в суде. Перед тем как хорошо и на свою пользу поспорить с банком в суде - подготовьтесь - обратитесь к юристу (а возможно в начале в Вашем случае к хорошему финансисту, экономисту, бухгалтеру) . Для детального ответа - надо указывать в вопросе в чем именно спор.