между организациями заключен договор займа. можно ли % начислять в конце года или обязательно ежемесячно?

Порядок начисления и уплаты процентов (в конце срока, ежемесячно, по мере погашения основного долга и т. д) следует предусматривать в договоре займа.
Если организация, предоставляющая займ, является небанковской организацией, то она не может размещать в качестве займов ПРИВЛЕЧЕННЫЕ СРЕДСТВА. Это право монопольно принадлежит только кредитной организации (банку) согласно статьи 1 Федерального закона от 02.12.1990г. № 395-1 "О банках и банковской деятельности".
Если небанковская организация предполагает предоставлять займы СИСТЕМАТИЧЕСКИ (т. е. нерегулярно) , то для данного случая в законодательстве прямого запрета нет. Однако, систематическое осуществление деятельности по предоставлению займов за счет собственных средств (не заемные средства и не с банковского счета организации, а за счет прибыли прошлого периода) может вызывать постоянные нарекания со стороны различных контролирующих органов, поскольку разница между кредитным договором (требуется лицензирование) и договором займа (не требуется лицензирования) несущественна, а экономическая сущность того и другого договора - одинакова. Так, согласно пункта 4 Информационного письма ВАС РФ от 10.08.1994г. N С1-7/ОП-555 когда одна организация передает заемщику свои свободные средства по договору займа, а последний обязуется возвратить эту сумму, и такая деятельность прямо не запрещена законом и не носит систематического характера, получение лицензии не требуется, в том числе и в случае предоставления займа на условиях уплаты определенных процентов.