Скажите, имеет ли право организация наказывать работника, если его з/п это оклад?

наказание в виде штрафов в труд кодексе не предусмотренно
если работник совершил скажем кражу или порчу имущества но отказывается возмещать добровольно то работодатель взыскивает с него через суд и только через суд
при этом значения не имеет оклад или хрен у него

Не может! Т. к. оклад - это основная часть заработной платы, т. е. - непеременная. А вот если работодатель планирует наказывать работника за нарушения - пусть установить ему стимулирующие выплаты.