Осталось 3 дня не отгуленного отпуска, график скользящий 2/2.Если взять их с 31 дек. когда выходить мне на работу?

11го января. 1-8 января не входят в отпуск

11 января. Только у вас начальство тоже явно не дурное.

31 декабря выходной день по всей России. Брать надо 29 декабря. Выход на работу 11 января. Сходите в отдел кадров.