iPhone 4/ Обновление ОС

Только при переходе c iOS 5 до iOS 6, делается полное удаленние данных. Об этом iTunes вас предпредил перед обновлением.
НО.. он сделал резерную копию данных прежде чем обновлять ваш iOS. Тем самым вы теряете только настройки некоторых приложений и только это.

В вашем случае скорее всего вы рановато выдернули кабель после окончания этапа обнолвения, После обновления он должен был автоматически восстановить резервную копию на свеже установленную OS.

Если этого не произошло, то вам нужно будет вручную его восстановить.