PHP - куча болтов и гаек.
ZF - собранный двигатель, колесо или руль. Все эти части сами по себе собраны из болтов и гаек.
Из колёс, двигателя и колеса можно собрать машину.
А можно собрать и из кучи болтов, но приложить чуть больше усилий и потратить немного больше времени.
Зато из болтов и гаек можно собрать не только машину, но и самолёт и даже космический корабль.
А колесо и руль из состава ZF годятся только для сборки машин и ничего более.
PHP - интерпретируемый язык. Чаще всего используется в веб-разработке. Порядка в синтаксисе PHP и в обратной совместимости между разными версиями до сих пор нет. Поддержка юникода и многопоточности до сих пор реализуется через костыли.
Zend - фреймворк для PHP. Пригоден разве что только для веб-разработки. Включает в себя все достоинства и недостатки PHP.
Использовать фреймворк или писать всё вручную - решает каждый разработчик сам.