процедура выплаты неустойки

Строительно-подрядная организация ((СПК) закончила объект, но не уложилась в договорные сроки.
Заказчик (бюджетная организация) расторгнул договор и подал в суд.
Исковое требование: выплатить неустойку.

Вопрос: деньги за выполненную работу поступят на счёт СПК в полном обьёме и лишь потом по решению суда будет снята неустойка? или же неустойка будет вычтена сразу и на счёт переведут оставшуюся сумму ?