как вести обособленное подразделение в 1с?

Ну это конечно сложный вопрос, надо бы побольше информации.
Есть несколько способов:
1) если у Вас конфигурация "Бухгалтерия" или "Управление торговым предприятием", то там в настройках учетной политики есть флажок "Вести учет по обособленным подразделениям", после включения которого на бухгалтерских счетах учета наличных денежных средств (для Украины 301 и 302) появляется дополнительная аналитика "Обособленное подразделение", которое по сути служит кассой и заносится в отдельный справочник;
2) Если бух. учет Вас мало интересует, то можно занести это подразделение в справочник "Подразделения" и/или "Подразделения организации" (в зависимости от конфигурации и вида учета) и в дальнейшем можно будет подтянуть его во многих документах и соответственно просматривать хорошие отчеты;
3) Можно занести это обособленное подразделение в справочник "Склады (места хранения) ", если он служит для хранения ТМЦ.
Короче говоря Вам нужно понять чем занимается это подразделение и какие данные по нему хотите видеть в отчетах, только тогда можно представить в какой справочние его заносить.