Как должен поступать бухгалтер в такой ситуации?

С этим (или подобным) сталкиваются очень многие. Практически нереально "построить" народ под требования БУ и НУ. Я в подобных ситуациях начинала вопить, произносила любимое слово "Убийцы!!! "... В конце концов, бизнес так и добили.. . Нашла другую работу, но опыт, приобретенный там и тогда, бесценен.

Объясняйте что не так, по сто раз... Еще хороший вариант - пересчитать неправильную первичку на сумму налога, которая будет переплачена в бюджет (иногда помогает).

Вы не подписываетесь под документами, а то что Вы подготовили, так это может любой сделать. Ведется учет верно или не верно судит главбух, ему и отвечать.

Бухгалтер работает с документами. Этим сказано всё и больше ничего говорить не требуется. То есть не требуется, чтобы бухглатер работал с сотрудниками "купившими что-то по наличке и etc"
Все "спорные" вопросы - через служебку с визой первого лица (или лица имеющего право отдавать такие распоряжения при оформленной доверенности от генера) . Желательно, но не всегда достижимо, чтобы кроме начальственной закорючки было типа "Оплатить", "Учесть", "Провести". Копии (вторые экземпляры) служебок - тщательно учитываете и храните в отдельной папочке.. .
Золотое правило: "Больше бумаги - чище з... ца".

Да многие так работают.... Неопытному буху конечно трудно вести двойной учет.... Самое главное что бы в официалке у Вас стыковались все показатели и были все оправдательные документы

Мда ситуация не из простых и таких тупых директоров полно.
Переведите себя на должность ведущий бухгалтер или финдиректор, а его как главбух и директор в 1 лице, все вопросы отпадут. Так нельзя работать. Спрос с вас. Зачем карьеру портить.

За ведение учета отвечаете не вы, а главный бухгалтер. на то она и главный, чтобы следить за рядовым бухгалтерами. Но мой вам совет, от греха подальше увольтесь оттуда

Оформляейте все документы за подписью Директора или приказ.
За все отвечает руководитель.

Сейчас почти все фирмы работают так. Не принимайте к учету товарные чеки без кассовых. Пусть оформляют служебки и подписывают их у директора. Тогда к Вам никаких претензий не будет.