Какие меры контроля могли предотвратить ситуацию?:После составления отчетных док-в, компания обнаружила ошибку аудитора!

1. Лучше аудитора выбирать
2. Может у Вас аудит не сплошной был?

если аудит был обязательный - то это вполне возможно!
Аудиторы - тоже люди и им свойственно ошибаться...

Аудиторская компания, в которой работает этот аудитор обнаружила ошибку аудитора?
На сколько СУЩЕСТВЕННО эта ошибка влияет на результат Отчета? Передали уже Отчет Заказчику (Аудиторское Заключение?) ?
Предотвратить ошибки мог внутренний контроль качества (есть СТАНДАРТ) .
При допуске Аудитора к проверке Руководитель должен быть уверен в определенном уровне знаний и опыта Аудитора.
В любом случае ОТВЕТСТВЕННОСТЬ (если об этом идет речь) несет Руководитель проверки
...Вы имеете ввиду ОТВЕТСТВЕННОСТЬ аудитора -аудиторской организации перед Заказчиком или ОТВЕТСТВЕННОСТЬ аудитора - специалиста перед руководством аудиторской организации ?

никакие, есть такое понятие в аудите как риск необнаружения ошибки

Ошибки тоже разные бывают. Поэтому в аудите существует понятия " аудиторский риск". Аудитор в ходе проверки должен оценить уровень существенности, которая зависит от величины показателя финансовой отчетности. Задача аудитора выявить существенные нарушения, которые могут значительно повлиять на результаты деятельности предприятия.
Все серьезные аудиторские фирмы страхуют свою деятельность именно на тот случай если после проведения проверки были обнаружены ошибки повлекшие за собой штрафы со стороны фискальных органов.
Для того чтобы повысить качество проводимого на предприятии аудита - заказывайте аудит каждый квартал, сотрудничайте постоянно с одной аудиторской фирмой и по возможности с одной и той же группой аудиторов - результат превзойти Ваши ожидания!