Нужно ли перед выданным авансом исчислять НДФЛ с суммы аванса? Если да, то как считать порог для вычета?

С аванса НДФЛ не платят!
Читайте:
Письма Минфина России от 17.07.2008 N 03-04-06-01/214, от 16.07.2008 N 03-04-06-01/209
Финансовое ведомство отмечает, что удержание и перечисление в бюджет сумм НДФЛ в виде заработной платы производятся налоговым агентом один раз в месяц при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам каждого месяца, за который ему был начислен доход, в сроки, предусмотренные п. 6 ст. 226 Кодекса.
Аналогичные выводы содержит:
Письмо УФНС России по г. Москве от 29.04.2008 N 21-11/041841@
Письмо УФНС России по г. Москве от 29.03.2006 N 28-11/24199
Письмо УФНС России по г. Москве от 06.07.2005 N 18-11/3/47804
Консультация эксперта, 2009
Статья: Платежки на зарплату (Начало) ("Оплата труда: бухгалтерский учет и налогообложение", 2007, N 6)
Книга: Доходы и расходы при упрощенной системе налогообложения (Касьянов А. В. , Кислов Д. В. , Курбангалеева О. А. ) ("ГроссМедиа", 2007)
Статья: О налоге на доходы физических лиц ("Налоговый вестник", 2008, N 3)

В конце месяца 30 сентября начислите зарплату, тогда и посмотрите, если доход привысит 40000, тогда и посмотрите положен ему вычет или нет. НДФЛ начисляется с зарплаты

НДФЛ с аванса платить необходимо в день выдачи аванса. если Вы предполагаете, что доход в сентябре превысит 40000, то и исчислите с аванса без учета вычета.
По итогам месяца в любом случае Вы уже будете точно знать и откорректируете сумму доплаты.

в конце месяца посмотрите - надо вам применять вычет или нет. просто сумму аванса вы же не начисляете, вы начисляете в конце месяца заработную плату. А аванс - это сумма для выдачи. Но при выдаче аванса надо перечислять НДФЛ в бюджет. А чтобы посчитать НДФЛ который надо перечислить в бюджет можно сумму аванса умножить на кф 0,149 ( 13 / 87)
Налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.
Налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня фактического получения в банке наличных денежных средств на выплату дохода, а также дня перечисления дохода со счетов налоговых агентов в банке на счета налогоплательщика либо по его поручению на счета третьих лиц в банках.

Поддерживаю Анну КР.
С аванса платить НДФЛ не обязательно!

Вы начисляете зарплату 30 сентября. В сентябре будет преодолен порог в 40 000,00, следовательно индивидуального вычета уже не будет. С аванса НДФЛ не начисляется.