В какой момент платить НДФЛ с суммы превышения суточных?

НДФЛ обязаны оплачивать в бюджет не позднее даты выплаты зарплаты.
что касается суточных сверх нормы, то данная выплата должна быть подкреплена локальным нормативным актом, и на момент подписания ав. отчета (в 3-х дневный срок по прибытии из командировки) вы производите окончательный расчет с подотчетным лицом и оплачиваете НДФЛ в бюджет.

Согласно п. 3 ст. 217 Кодекса не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц все виды установленных законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации) , связанных, в частности, с выполнением физическим лицом трудовых обязанностей, включая возмещение командировочных расходов.

Положениями указанной статьи предусмотрено, что при оплате работодателем налогоплательщику расходов на командировки как внутри страны, так и за ее пределы в доход, подлежащий налогообложению, не включаются суточные, выплачиваемые в соответствии с законодательством Российской Федерации, но не более 700 руб. за каждый день нахождения в командировке на территории Российской Федерации и не более 2500 руб. за каждый день нахождения в заграничной командировке.

Фактический размер суточных, выплачиваемых работнику при направлении его в служебную командировку, может превышать размеры суточных, освобождаемые от налогообложения на основании п. 3 ст. 217 Кодекса, и в соответствии со ст. 168 Трудового кодекса Российской Федерации определяться коллективным договором или локальным нормативным актом организации.

При этом объектом обложения налогом на доходы физических лиц являются суточные, выплаченные работнику сверх размеров, установленных п. 3 ст. 217 Кодекса.