Если организация платит НДФЛ с арендной платы физ.лица..

Организация - налоговый агент, арендующая помещения у физ. лица - собственника жилья, обязана с суммы арендной платы исчислять, удерживать и перечислять в бюджет сумму НДФЛ и представлять в налоговую инспекцию Справку о полученных физическим лицом доходах и удержанных суммах налога (по форме 2-НДФЛ) . Этот вывод подтверждает и письмо Минфина от 24 декабря 2007 г. N 03-04-08-01/64.
Если же физическое лицо зарегистрировано как индивидуальный предприниматель, то ИП должен самостоятельно исчислять и уплачивать НДФЛ и отчитываться по нему (п. 2 ст. 227 НК РФ) .
Форму 3-НДФЛ должны сдавать граждане, получившие в прошлом году доход, по которому налог не был удержан. А вы удержали, оплатили и подали 2-НДФЛ.

Да, организация сдает 2-НДФЛ. А налогоплательщику скажите, чтобы 3-НДФЛ не составлял по арендной плате, если иных доходов не имеется.

Если он не ИП, отчитываться по форме 3-НДФЛ не нужно. Вы, как налоговый агент, подаете сведения по форме 2-НДФЛ

В этом случае необходимо в первую очередь посмотреть сам договор аренды, в котором либо указывается об обязанности самим арендодателем произвести уплату налога и отчитаться по месту своего нахождения, либо закреплено за юридическим лицом, либо вообще ничего не указывается. Так вот, в двух последних случаях, организация сама уплачивает НДФЛ и предоставляет справку в налоговый орган. Физичесок лицо, если у него нет иных доходов, кроме от Вашей совместной сделки, не отчитывается в налоговый орган, в связи с отсутствием целесообразности.