НДФЛ с арендной платы

Главное, что вы исчислили и уплатили налог в бюджет, все остальное - это расчеты с прочими кредиторами, при последующем начислении арендной платы уменьшите выплачиваемую после удержания НДФЛ сумму.

что вам мешает еще раз перепровести этот договор, чтобы в программе у вас встало в этом же месяце.. у вас получится, что вы удержали ндфл, а вот проблема с перечислением .. вы заплатили за этот месяц несколько позже.. поэтому когда будете сдавать 6-ндфл, вы это покажите ...будут пени... но со следующего месяца у вас будет все нормально.. перечислить ндфл вы обязаны в день фактического получения дохода ...т. е. если по договору у вас стоит срок оплаты, например, 10 число каждого месяца, то вы платите ему 8700 и в бюджет 1300 именно 10 числа .. тогда проблем с вами у налоговиков не будет.. и потом налоговый период по ндфл -ГОД ..

НДФЛ платит арендодатель

Сделайте акт сверки и укажите переплату. Зачтете в другом месяце.

Грубым не является. Но от штрафа это не спасет, если налоговый орган докопается. Штраф, впрочем, мизерный.
1300 вы переплатили. При этом не исполнили обязанность налогового агента, т. е. не удержали с этой суммы НДФЛ и не перечислили в бюджет. Штраф - 20% от суммы, подлежащей удержанию и (или) перечислению (ст. 123 НК РФ). Итого: 1300 * 0,13 * 0,2 = 34 руб.
Можно вернуть переплату как ошибочно перечисленную, чтобы все ровно было. Можно не заморачиваться и зачесть в следующем месяце, как выше посоветовали.

Получается, что вы 1300 рублейза истекший месяц арендодателю переплатили. В следующем месяце при удержании НДФЛ в той же сумме вы на 1300 рублей выплатите меньша.
Истекший месяц :
Д20 К76 - 10000 руб.. -начислена арендная плата
Д76 К68 - 1300 руб. - удержан НДФЛ с арендной платы 13?
Д76 К50 (51) 10000 руб. - оплачена арендная плата
Текущий месяц :
Д20 К76 - 10000 руб.. -начислена арендная плата
Д76 К68 - 1300 руб. - удержан НДФЛ с арендной платы 13%
Д76 К50 (51) - 7400 руб. - оплачена арендная плата