Хочу продать акции своего предприятия. Акциями владею около 5 лет. Буду ли я платить налог на доходы с физ. лиц?

Будете.
Случаи реализации акций рассматриваются налоговым законодательством в особом порядке. К ним положения о сроке нахождения в собственности более или менее 3-х лет не применяются. Тут правила другие.
Пунктом 17.2 статьи 217 Налогового кодекса установлено, что не облагается налогом доход от реализации акций, принадлежащих налогоплательщику более пяти лет. Однако это положение было введено только в декабре 2010 года и применяется только к акциям, приобретенным после 1 января 2011 года.
Если Вы владеете акциями около 5 лет, то их владельцем Вы стали в 2008 году - до 1 января 2011 года. Следовательно, под освобождение от налогообложения Ваш случай не попадает. Сделка будет облагаться налогом на доходы физических лиц по ставке 13 %.
Обложение дохода от продажи ценных бумаг регулируется особыми положениями (статьей 214.1) Налогового кодекса.
Сумма налога определятся как 13 % с разницы между доходами и расходами.
Доходами считается сумма полученного от реализации дохода. Реализуете по цене 100 руб. за штуку - такой доход и будет.
Расходы - сумма, которую Вы затратили на приобретение акций. Она должна быть подтверждена документами (предыдущим договором купли-продажи, справкой банка или фондовой биржи и т.п.). В расходы можно включить стоимость услуг биржевого брокера (если бумаги приобретались на рынке ценных бумаг через посредника) - но эти расходы опять таки должны быть подтверждены документами.
Подтвердите затраты в сумме 1 рубль - значит, будет рубль.