НДС платиться со всей закупочной суммы или только с Прибыли ?

Если Вы приобрели товар у физического лица, то облогаемым оборотов у Вас будет разница, между ценой реализации и стоимостью приобретения. Например: -купили Вы у физлица по закупочному акту картофеля на 100 руб., а реализовали за 150 руб. Облогаемый оборот будет 50 руб., а НДС по реализации 4,55 руб (50*10\110).
Если Вы прибрели картофель у КФХ, которое платит сельхозналог, за 100 руб и сделали наценку в 50 руб., то НДС следует исчислить в размере 15 руб (150*10%).
Если Вы купили картофель у "базы",которое на общем режиме налогообложения, за 110 руб, в т. ч. НДС 10руб, затем реализовали его за 150руб, то НДС по реализации следует исчислить в размере 15 руб., 10 руб. НДС, по приобретенному картофелю отнести к налоговым вычетам, то к уплате в бюджет подлежит 5 руб.

НДС платится с разницы в цене: продажная минус закупочная

с добавленной стоимости, т. е. фактически с торговой наценки (простым языком)

Берем книгу покупок и продаж (не забываем про авансы) смотрим сумму НДС покупок и продаж. Если оказалось, что НДС продаж больше, то определяем разницу и уплачиваем, а если наоборот, то это НДС к возмещению!

НДС-налог на добавленную стоимость, т. е. на то, что добавили. Купили за 10, продали за 15, платите с 5.

У тебя совсем мозги отсутствуют?

со всей закупочной суммы