Учитывается ли НДС в строке 041 в декларации по налогу на прибыль?

Да...

Запомни - НДС не является ни доходом, ни расходом.
Эта строка является частью (в том числе) от строки 40 - косвенные расходы.
В косвенные расходы, если ты посмотришь, что туда попало, убедишься, что НДС туда не вошел.
А раз НДС в целое не вошел (в строку 40), то он не вошел и в "в том числе" (строка 41)

В косвенные расходы входят взносы в фонды, но это не налог. Раньше это был налог - ЕСН, но тогда в этой строке было специально написано - кроме ЕСН.

Есть еще налог на имущество, но он учитывается по 91 счету и попадает во внереализационные расходы, а не в косвенные (хотя у кого как - всякое видал).

Короче, не знаю что попадает в 41 строку ( у меня - ничего), но НДС вообще в расходы не попадает

По строке 041 указываются начисленные суммы налогов и сборов, за исключением налогов, перечисленных в статье 270 НК РФ. Так, по этой строке НЕ отражаются:
•косвенные налоги, предъявленные налогоплательщиком покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав);
•суммы налогов, начисленные в связи с осуществлением специальных налоговых режимов или осуществлением деятельности, доходы и расходы от которой не учитываются при исчислении налоговой базы по налогу на прибыль;
•налог на прибыль;
•суммы платежей, которые начислены за сверхнормативные выбросы загрязняющих веществ в окружающую среду;
•суммы налогов, которые были включены в состав внереализационных расходов при списании кредиторской задолженности;
•суммы страховых взносов на обязательное пенсионное, социальное и медицинское страхование, начисленные во внебюджетные фонды.

По строке 041 отражаются начисленные налог на имущество, транспортный налог и налог на землю (начисление налогов происходит по дебету счета 26)