Как правильно оформить утрату документов

В принципе согласен с елена ледовских.
Но если проверки не было, то может и не быть за эти периоды, а сами цифры скорее всего забиты у вас в программе.
Так что если они вам не нужны например, для оформления субсидий в банке или администрации, то можно и не восстанавливать.

И как же они "возгорелись"?
Прежде всего необходимо получить официальное подтверждение происшедшего:
- при пожаре - справку органа противопожарной службы (МЧС России) ;
- стихийном бедствии - справку территориального управления МЧС России;
- краже - справку местного управления внутренних дел;
- затоплении - акт о затоплении, подписанный собственником помещения, справка из РЭУ.
Сразу после происшествия на основании приказа руководителя организации создается комиссия по расследованию причин утраты документов. При необходимости для участия в работе комиссии приглашаются представители следственных органов, государственного пожарного надзора и др.
Результаты работы комиссии оформляются актом. Его утверждает руководитель организации. В нем указываются причины и последствия происшествия. В случае стихийного бедствия, пожара или других чрезвычайных ситуаций, вызванных экстремальными условиями, организация обязана провести инвентаризацию (п. 2 ст. 12 Закона N 129-ФЗ) . Порядок ее проведения установлен Методическими указаниями по инвентаризации имущества и финансовых обязательств (Приказ Минфина России от 13.06.1995 N 49). По итогам инвентаризации составляется опись утраченных документов.
Если утрачены документы, подтверждающие исчисление и уплату налогов, а также отчетность, об этом в письменной форме следует уведомить налоговую инспекцию по месту учета. К заявлению прилагаются справки и акты, подтверждающие форс-мажорные обстоятельства.
Налоговый орган, получив информацию об утрате документов, может предпринять меры налогового контроля в отношении пострадавшей организации (налоговая проверка за соответствующий период) . Следует попытаться согласовать с инспекцией сроки восстановления утраченных документов.
И эти документы вам придется ВОССТАНОВИТЬ!!!

Нужно составить акт! акт составляется в произвольной форме в указанием нанесенного ущерба
, но с обязательным присутствием владельца склада и лицом, которое нанесло ему ущерб
(представителем лица) . Можно также привлечь представителя от компании, которая будет
производить оценку ущерба, если вы не уверены в том, что лицо, которое виновно в
совершенном, в добровольном порядке согласится его возместить