Каким образом проверить всю финансовую деятельность компании за последние 3 года.

Главную книгу, баланс, оборотки!! ! что именно хотите проверить???

1) всю финансовую деятельность компании за последние 3 года. - проверяется сплошным методом. Начинаете с первички. 2) Просматриваете входящую первичку ( накладные, счета-факуры на приход ), далее исходящую ( тоже самое, но от нас ). Обращаете внимание на количество ошибок в ней и на правильнось подсчёта итоговых сумм за месяц. Но если учёт вёлся в проге, то с этим не должно быть проблем. Далее просматриваете внутреннюю первичку: путевые листы, акты на списание материалов и т. д.
3) Потом смотрите на правильность исчисления налогов. Это очень важно, т. к. это главный фактор риска! К сожалению вы не написали свой режим налогообложения, так что обсуждать нечего.
4) Потом просматриваете бухгалтерские книги и отчёты. Это существенно, только если вы собираетесь скоро идти в финансовые учреждения или хотите увидеть уровень квалификации гл. бухгалтера.
5) Далее обращаете внимание на юридическую сторону ведения бизнеса. Это имеет значение, если руководителем был нанятый сотрудник и вам важно понять, насколько чистоплотен он был. Доказать что-то в суде в любом случае будет всё равно не реально, так, примете к сведению.

пригласите меня.. я обожаю восстанавливать и проверять....

Деятельность могут проверять только контролеры (свои, собственника, КРУ) . Смысл в том, чтобы установить, нет ли хищений, нецелевых расходов, превышения смет и т. п. нарушений. К отчетности и налогам это никакого отношения не имеет. В основном смотрят расходы - их правомерность и размер.

Думаю, нужно смотреть балансы

Смотря, что Вы имеете ввиду)) )
Проверить можно по налоговой, по банку, по фондам ну и конечно по внутренним документам компании.
- По налоговой можно запросить сальдо расчетов, но они будут на текущую дату (развернутые сальдо ИФНС дают только тем кто отчитывается по интернету, т. к. только там есть возможность сделать такого рода запросы) , так же можно запросить копии деклараций сданных за интересующий Вас период, тка же можно если у Вас есть на руках платежки уплачиваемые организацией провести сверку с налоговой по платежам.
- В банке можно запросить выписку по счету, где будет отражено движение денежных средств.
- В фондах аналогично как и с налоговой.