Если ООО заключило договора не со всеми покупателями?

Если разовая сделка, то обычно не заключают договоров. Но если постоянное сотрудничество, то договора нужны.

Если Вам покупатели делали предоплату на основании счетов - всё в порядке, не волнуйтесь. Это равносильно оферте.

Если платили уже после отгрузки - тоже ничего страшного.

Другое дело, если Вам платили наличными денежными средствами - там ведь именно по ОДНОМУ договору даётся ограничение. А если у Вас так несколько платежей от одного покупателя проходило, то без договора трудно будет доказать, что эти суммы по разным договорам, - так Вы подводите и своих покупателей.

Главное, чтобы каждая сделка между вами и покупателями проводилась по документам. Это могут быть: договор, выставленный счет, товарная накладная, счет-фактура, акт выполненных работ, платежка или приходник/расходник. Каждый из этих док-в имеет юр. силу.

Договор может быть в устной форме, в форме обмена электронными сообщениями или в форме публичной оферты, адресованной неопределенному кругу лиц, в которой прописан порядок акцепта. Офертой считается также выставление товаров в витрине торговой точки, или в интернет магазине, но в последенем случае составляют также текст оферты. Письменная форма обязательна только для внешнеторговых контрактов. С другой стороны, если будет судебное разбирательство с заказчиком, вы не сможете сослаться на договор, если он был заключен в устной форме.
При камеральной проверке для вас важна обоснованность расходов, наличие всех актов/счетов фактур для того чтобы определить правильность определения налоговой базы.
На всякий случай можете вывесить на сайте текст оферты.