За обучение платила организация, налоговая требует уплатить 13% с суммы студента?

Это доход студента.

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ФЕДЕРАЛЬНАЯ НАЛОГОВАЯ СЛУЖБА

ПИСЬМО
от 13 апреля 2009 г. N 3-5-03/434@

О НАЛОГЕ НА ДОХОДЫ ФИЗИЧЕСКИХ ЛИЦ

Федеральная налоговая служба рассмотрела письмо по вопросу освобождения от налогообложения налогом на доходы физических лиц на основании пункта 21 статьи 217 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) с 01.01.2009 сумм целевых образовательных субсидий, выделяемых из средств окружного бюджета, и сообщает следующее.
В соответствии с пунктом 21 статьи 217 Кодекса, начиная с 1 января 2009 года, не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) суммы платы за обучение налогоплательщика по основным и дополнительным общеобразовательным и профессиональным образовательным программам, его профессиональную подготовку и переподготовку в российских образовательных учреждениях, имеющих соответствующую лицензию, либо иностранных образовательных учреждениях, имеющих соответствующий статус.
Таким образом, если за налогоплательщика оплачено обучение по перечисленным в пункте 21 статьи 217 Кодекса программам в российских образовательных учреждениях, имеющих соответствующую лицензию, либо иностранных образовательных учреждениях, имеющих соответствующий статус, то независимо от источника средств, за счет которых производится оплата обучения налогоплательщика, такой доход с 01.01.2009 не подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Действительный
государственный советник
Российской Федерации
2 класса
С. Н. ШУЛЬГИН

С 01.01.2009 этот доход не подлежит налогообложению НДФЛ.

http://www.nalogrf.ru/?mode=sit;tax=3;l=107375
http://www.hrmaximum.ru/articles/training/305/

ВУЗ вообще должен только научить студента наукам.

Договор нужно правильно составлять