Кто-нибудь сталкивался с тем, что налоговики отказываются возместить НДС из-за того, что по их мнению фирма-однодневка?

Это обычное явление, оспорить это можно только через суд.
По законодательству организация не несет ответственности за других юр. лиц.
Да и проверить фирму практически невозможно, т. к. фирмы однодневки тоже имеют Устав, свидетельства, Учредителей, и написать любую бумажку также могут.

В марте 2009 г. Конституционный Суд РФ принял важное решение и обязал покупателей проверять своих продавцов (Определение Конституционного Суда РФ от 05.03.2009 N 468-О-О) . Арбитражная практика большинства округов следует этому же курсу. Если хотите быть спокойны за вычет или расходы - проверять продавцов надо.
Для начала следует закрепить в отдельном документе критерии проверки и порядок ее проведения. Это может быть как приложение к учетной политике предприятия, так и любой локальный акт, назвать его можно как угодно. Уже одно то, что такой документ в организации будет, прибавит шансы в споре с налоговыми органами. Минфин предлагает запрашивать у контрагента Минфин России в своем Письме от 10.04.2009 N 03-02-07/1-177. Это прежде всего копия свидетельства о постановке на учет в налоговом органе, выписка из Единого государственного реестра юридических лиц, получение доверенности или иного документа, уполномочивающего то или иное лицо подписывать документы от лица контрагента, использование официальных источников информации, характеризующих деятельность контрагента. Все эти меры будут свидетельствовать о вашей осмотрительности и осторожности при выборе контрагента.
Наряду с этим можно также предпринять еще ряд действий:
- проверка продавца через Интернет (с помощью сайта ФНС России или сайта самого продавца) ;
- запрос в инспекцию продавца (например, о нарушениях налогового законодательства продавцом; необходимо отметить, что информация о налоговых правонарушениях продавца не относится к налоговой тайне в силу пп. 2 п. 8 и п. 3 ст. 8 Федерального закона от 27.07.2006 N 149-ФЗ, а также пп. 3 п. 1 ст. 102 НК РФ) ;
- запрос дополнительных сведений у продавца (решение общего собрания учредителей о назначении руководителя, копии паспортов руководителя и работников, уполномоченных подписывать расчетные и отгрузочные документы: счета, счета-фактуры, товарные накладные и т. д.) .
На основании всех собранных документов необходимо принять решение - стоит или нет заключать сделку. Иначе проблем с вычетом НДС (налоговым учетом расходов) не избежать

Всё через суд и он вас рассудит!))))

Если это и правда однодневка, и Вы это знаете, - не надо выходить на возмещение НДС, - здоровее будете.
А если Вы уверены, что это не однодневка, - то только в суд.