В каком порядке подкладывать счета-фактуры в книгу покупок (продаж): от март к январю или наоборот?

В хронологической последовательности по мере поступления, т. е. от 1 января в начале и до 31 марта в конце квартала. Аналогично и по счетам-фактурам выданным при реализации ТМЦ, работ, услуг.
Весьма удобно в книге продаж сформировать "раздел",в котором регистрируются счета-фактуры, выписанные налогоплательщиком в одном экземпляре при получении от покупателя предоплаты, при исчислении НДС по "хозспособу",по восстановленным суммам НДС, при использовании ТМЦ для собственных нужд.
В книге покупок удобно сформировать "раздел",в котором регистрируются счета-фактуры, выписанные при поступлении предоплаты, но суммы НДС по ним подлежат отнесению к налоговым вычетам при отгрузке ТМЦ, оказании услуг покупателям, осуществивщим предоплату.
Соответственно и счета-фактуры по указанным операциям должны также находиться обособленно от других счетов-фактур, как правило после всех остальных.

просто сшиваете с-ф за месяц и пишите на корочке приложение к книге продаж за январь 2010г.

Законодательством не регламентируется, как подкладыать.
Поэтому класть можете как вам удобно.
Главное чтоб это было в календарном порядке.

январь-раньше, т. е. в конце папки, март-сверху...

По мере поступления

Счета-фактуры не сшиваются с книгой покупок (продаж) , книги сшиваются сами по себе, а счет-фактуры полученные и выданные хранятся отдельно, ведутся журналы учета полученных и выданных счетов-фактур.
Вот вы открываете папку с счетами-фактурами, и вам в нее нужно подшить текущую счет-фактуру, а сверху у вас январь.... что же вы будете искать конец папки, перелистывая всю ее до конца?