как правильно архивировать товарные накладные? С\фактуры подшиваются в Книгу покупок\продаж, а накладные?

"Книга покупок" и "книга продаж" это в первую очередь счета-фактуры.
Грамотнее было бы написать "Торг-12 приходные" (то, за что вы платите) и "Торг-12 продажи" (то, что вы продаёте и отгружаете), а то и просто "Торг-12" без уточнений.
Вариантов хранения много.
Если организация небольшая, то для накладных хватит и одной папки. Но при желании можно и по поставщикам разделять, и по периодам, и как правая пятка левой ноги захочет. В конце определенного периода можно даже реестр накладных распечатать для удобства поиска и прикрепить к папке как оглавление.
Регламента нет, поэтому полагаетесь чисто на удобство хранения, поиска и предоставления в случае чего.

Заводите обычные регистраторы 8 см и храните там, подписав ТОРГ-12 (период). После в обычные скоросшиватели и в архив. Нет регламента хранить счета-фактуры отдельно от ТОРГ-12, т. к. часто встречные проверки и копии приходится снимать. И если обороты большие, то работа увеличивается по времени от поиска отдельно товарной накладной, а потом к ней счета-фактуры.

Книга покупок вам не в тему! Я подшиваю накладные отдельно от поставщиков и для покупателей. Папки так и подписываю- Документы от поставщиков, Документы для покупателей. Как вам удобно, так и подписывайте. Тут четкого регламента нет.

если вы не плательщики ндс, то и книги покупок и продаж, вам не нужны. Папки подпиываются у нас накладные-17-исходящие и накладные-17 -входящие. А так как с н. г мы применяем УПД, то просто Покупка 17, Продажа 17.
И с/ф для удобства подшиваются так, квартал собрали книгу распечатали вложили, сверху разделитель и новый квартал и таже песня. и т. д. Архивируйте так как вам удобно и понятно, чтобы в случае чего вы знали и понятно было другим, где найти тот или иной документ.