Правильно ли то что нам дали товарную накладную, а не акт на передачу прав пользования?

По первому вопросу: Все верно. Вам дали товарную накладную при приобретении самого програмного продукта (объекта) , а акт дали при оказании услуг по модернизации, доработки и т. д.
В бух учете нужно отразить след. образом:
При приобретении программных продуктов есть 2 понятия: приобретение с исключительным правом, когда программный продукт разрабатывался именно под ваш заказ и с неисключительнм правом, когда вы приобретете "типовой" программный продукт. В Вашем случае, у вас 2ой вариант. Стоимость ПО списывается ежемесячно равными частями, исходя из срока использования. И отражение в бух. учете:
1. Приобретение программы: Д97 К60-2542,37 руб,
2. НДС: 19 60-457,63
3.Списание ежемесячной стоимости: Д 44,20,26,23, К 97- доля от стоимости
4. Если Вы на УСН, то в затраты прапорционально списываются суммы НДС: 44,20,26,23 К 19. (Если на КСНО Д 68 К 19)
5.Кроме того, сам Программный проукт должен быть отражен на забалансовом счете.
Услуги по модернизации, установке можно списать единовременн на счета затрат: Д 44,20,26,23 К 60.

для них-это товар, а для вас-как указано в учетной политике-можно бух. программу отнести на 04,можно на 97,а можно сразу списать в расходы.

оба варианты верны - единый способ на оформление, оформляйте как поступление обычного товара от поставщика, и оформляете акт списания "на производственные расходы или хоз. нужды". Также не забываем про расходный кассовый ордер