вопрос про налоговый вычет

А сколько времени прошло между сделками?
Если Вы владели квартирой менее трех лет, Вы опять с суммы, превышающей миллион, должны будете заплатить НДФЛ. (подпункт 1 пункта 1 статьи 220 НК РФ) .
А подозрения возникнут обязательно. У налоговой подозрения не возникают только в случае уплаты в бюджет, а вот возвращает она как-будто из своего кармана.
Подозрений не будет, если на вычет претендовать не будете. Но обидно деньги терять.
Если других вариантов возврата квартиры нет (я не юрист, не знаю) , то можно будет и подать на вычет, в случае отказа - жалобу на неправомерные действия должностных лиц в вышестоящее управление региональное. Пусть они обосновывают свои подозрения.

Хороший друг) )
он предлагает вам еще раз заплатить НДФЛ (если квартира в собственности менее 3 лет, с суммы более 1 млн руб.) , а сам не будет платить НДФЛ с зарплаты до 2 млн руб. (т. е. до 260 тыс. руб.).

По ГК РФ не запрещено дарить и продавать, оформляйте правильно док-ты платите налоги и хоть каждый год покупайте эту квартиру друг у друга

это вопрос не сюда, а к налоговой. никто, кроме них не знает, что должно вызывать подозрения.
С другой стороны - если будут какие-то подозрения, ну и что? пусть подозревают и проверяют. Вам-то чего бояться, если по документам и выплатам все чисто?

1. Претендовать на вычет ваш друг сможет (если ранее вычетом никогда не пользовался)
2. Подозрения у налоговой сделка купли-продажи вызовет обязательно
3. Судебные перспективы рассмотрения дела - неоднозначные