вопрос о налоговом вычете при продаже недвижимости находящейся в собственности менее 3 лет, внутри...

Согласно пп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ в имущественный налоговый вычет, предоставляется при представлении налоговой декларациипо форме 3-НДФЛ. Вычет предоставляется в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 рублей. Налог платить Вы не должны, но декларацию представить обязаны! ! Иначе и вычета не получите.
В Вашем случае штраф за непредставление декларации 1000 рублей. Но декларацию все равно надо представить, хоть и с нарушением срока, иначе, как я уже сказала вычета не будет. Ведь имущественный вычет-это право налогоплательщика, и что бы им воспользоваться, надо его заявить путем представления декларации о доходах.

Согласно пункту 1 статьи 220 НК РФ Вы имеете право на получение имущественного налогового вычета в сумме, полученной от продажи, но не более 1 млн руб. Это означает, что налог платить Вы не должны, если доход 500 тысяч.

а как связана сумма до 1 миллиона и обязанность подать декларацию?
никак.
декларация подается в любом случае при реализации имущества, которое находится в собственности менее 3-х лет. даже если это имущество стоит 10 руб.
насчет вычета. вычет дают 1 раз в жизни. если ваш дом стоил 500 тысяч и продали вы его за 500 тысяч, то подайте декларацию по системе "доходы минус расходы". вычет тогда не будет использован.
если продажа была в 2013 году, то у вас еще есть время подать декларацию до 30.04.2014 года.
иначе вас оштрафуют