Обмен квартиры, бывшую в собственности менее 3 лет на большую. Платить ли налог 13%?

Если раньше не получали налоговый вычет за приобретенную квартиру, то имеете право заявить налоговый вычет на вторую квартиру. Дело в том, что налоговый вычет на недвижимость предоставляется человеку 1 раз. Если Вы в браке, то на 1 квартиру вычет должен был быть у одного супруга, на 2 квартиру- у другого.

Обмен квартир сгинул вместе с распадом СССР., когда не было на них права собственности владельцев (кооперативные квартиры не в счет). Теперь все стало проще.. Не знаю ваших конкретных цифр купли и продажи, но по сути, вы должны оплатить НДФЛ, рассчитанный с суммы доплаты.

У вас две сделки.
1.Продали 2-к. кв. сумму Х1, с этой суммы обязаны исчислить 13% НДФЛ.
Налоговую базу можете уменьшить на документально подтвержденные расходы т.. е на сумму покупки квартиры. Или налоговую базу можете уменьшить на имущественный вычет до 1 млн. рублей. ст. 220 НК РФ
2. Купили 3к. кв. с покупки НДФЛ не начисляется. Но раз в жизни можете применить имущественный вычет на покупку жилья до 2 млн. рублей.
*
Исходя из этого, если у вас такая ситуация что, затрат на покупку квартиры 2.к. кв представить не можете (получили в наследство, приватизировали, вам подарили) то применяете к продаже вычет на 1млн. рублей, если останется база, т. е. продали выше чем 1 млн. рублей, то с них нужно начислить 13% ндфл. Но вы пишите в налоговую заявление на имущественный вычет на покупку 3к. кв. и как вам его дадут, то этим вычетом зачтете базу по продаже 2.к. кв.
Ну а если продали 2.кв. выше 3 млн. рублей то тогда придется еще заплатить ндфл с разницы.