Надо ли платить налог 13%,если я продаю две кв.(в собственности менее 3 лет)общей стоимостью 1млн.990 тыс.руб?

Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета (1 000 000 рублей) , налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов. То есть если вы предоставите подтверждающие документы на то, что вы купили эти же квартиры за 10 рублей, а теперь продаете за 8 рублей, то объекта налогообложения нет (НДФЛ платить не надо) . Либо что вы купили за 10, а продаете за 15, НДФЛ заплатите с разницы, т. е. с 5-ти.
Если же продаете квартиры, где основанием права собственности является договор приватизации, то придетя действовать по "схеме" с имущественным вычетом (1000 000 рублей)

1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 250 000 рублей.
Имейте ввиду:
Вы можете также уменьшить свою сумму на расходы, связанные с приобретением этих квартир. Разумеется, документально подтверждённых, типа договор купли-продажи и т. п.

Если квартиры продаются в одном налоговом периоде, то имущественный вычет на обе квартиры ограничен 1 млн. рублей. С разницы нужно платить 13%.