Я продала авто в сентябре 2010 за 125 000, в собственности менее 3 лет, заполняя 3НДФЛ возник вопрос: какой нужно

Если машина находилась в вашей собственности более 3-х лет налога нет. Декларацию подавать не нужно.
Если менее - при продаже имущества Вы обязаны заплатить 13% с полученного дохода. Но Вы имеете право на налоговый вычет.
Если машина была в собственности менее 3-х лет, тогда на Ваше усмотрение:
а. Предоставляется налоговый вычет на сумму 250 т. р. (до 31 декабря 2009г. -125 т. р.) . Всё что сверху - облагается 13%.
б. Предоставляете в налоговую документы, подтверждающие Ваши расходы при покупке автомобиля. Цена продажи-цена покупки=доход. С дохода платите 13%.
Код вычета - 1520.
Договор купли-продажи - если будете указывать расходы по покупке авто. 2 НДФЛ.

Посмотрите НК РФ. Если авто эксплуатировалось менее трех лет и продан по ценее более 250 т. р. , то от разницы между продажной ценой и 250 т. р. надо патить налог как за полученные доходы. Дебильный закон, но он - закон. Главным документом здесь будет договор купли-продажи авто, т. е. тот договор, где Вы "продавец".

Сразу скажу что договор продажи не обязателен (ну потеряли вы его за ненадобностью), а где в декларации вы собираетесь ставить код вычета? Вам надо заполнить следующие страницы, -Титульный, 2 раздел, 6(1) раздел, лист А, лист Е и все, кстати надо именно сегодня отчитаться, завтра уже будет 1000р. штраф за несвоевременное представление