Подскажите ! Продали в 2009 году машину за 475000 в собственности менее 3-лет. Какова будет сумма имущественного вычета?

Если машина находилась в вашей собственности более 3-х лет налога нет. Декларацию подавать не нужно.
Если менее - при продаже имущества Вы обязаны заплатить 13% с полученного дохода. Но Вы имеете право на налоговый вычет.
Машина была в собственности менее 3-х лет, тогда на Ваше усмотрение:
а. Предоставляется налоговый вычет на сумму 250 т. р. Всё что сверху - облагается 13%.
б. Предоставляете в налоговую документы, подтверждающие Ваши расходы при покупке автомобиля. Цена продажи-цена покупки=доход. С дохода платите 13%.
Во всех случаях обязательно предоставление в налоговую декларации и заявления о предоставлении налогового вычета.
В Вашем конкретном случае хочу заметить, и, думаю Вы со мной согласитесь, что в 99 случаях из 100 машина продаётся всегда дешевле, чем была куплена (износ, амортизация, потеря товарного вида) . Так что спокойно пользуйтесь пунктом б.

Если у вас есть документы о сумме, за которую вы приобрели эту машину, то вместо 125 000 можно учесть эту сумму. Других вариантов нет!
Либо 125 000, либо расходы по приобретению именно этой машины.

125000 рублей. Статья 220 НК РФ

Народ, какие 125 000 р.!!! Читаем налоговый кодекс внимательно (ред. от 19.07.2009 №202-ФЗ) пп. 1 п. 1 ст. 220
давно уже 250 000руб.
И если в договоре купли-продажи и в справке счет была указанна сумма 475 000 руб. , то налог составит (475000-250000)х13%=29250р.