Правда, что при продаже нежилогопомещения, кот в собств менее 3 лет нужно заплатить 13% со всего дохода, дох-расх нельзя?

Что за ерунда!
Имущественный вычет по нежилому помещению действительно предоставляется как по прочему имуществу. По сделкам с 2010 года в размере 250 тыс. рублей. НО!
Вместо имущественного налогового вычета от продажи имущества в пределах вышеуказанного норматива налогоплательщики вправе уменьшить полученный от продажи имущества доход на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных ими расходов, связанных с получением этого дохода. Это подпункт 2 пункта 1 ст. 220 НК РФ. Т. е. это не ВЫЧЕТ! Если у вас есть документы подтверждающие сумму за которую вы купили именно это помещение, то можно доходы минус расходы!

В соответствии с подпунктом 2 п. 1 ст. 220 НК РФ использовать в виде вычета при обложении дохода от продажи недвижимости можно только расходы "...на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, земельных участков, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков, на которых расположены приобретаемые жилые дома, или доли (долей) в них". Нежилых помещений в этом перечне не имеется.
При этом стоит отметить, что в соответствии с подпунктом 1 п. 1 ст. 220 НК РФ при расчете налогооблагаемой базы доход от продажи имущества можно уменьшить "в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 250 000 рублей". Нежилое помещение в данном случае рассматривается как "прочее имущество".

Таким образом, при расчете облагаемого налогом на доходы физических лиц дохода при продаже нежилого помещения, находившегося в собственности менее 3-х лет, использовать в виде вычета расходы на его приобретение действительно нельзя. Но можно применить имущественный вычет, применяемый при продаже прочего имущества, в размере 250 тыс. руб. , т. е. 13% налога будут рассчитаны не со всей суммы дохода, а с суммы (доход - 250 тыс. руб.) .