Куда можно списать остатки в 1С по счетам:

44 счет, смотрите внимательно закрытие месяца в 1С, где то не сделалась проводка. скорее всего в месяце, где не было выручки.. . очень частый косят 1С, тогда эту проводку нудно делать вручную.
По налоговым счетам, согласна полностью с выше сказанным, сначала сверка с налоговой, а потом списание.
Все зависит от версии программы, либо простой "операцией в ручную" лучше "бух. справкой", либо типовой операцией.
с 60-м счетом, скорее всего, где то что то повесили на авансы, а зачетом не принялось или кто то до вас, какие то пролаты/поставки, вместо 60 повесил на 76.5, проверяйте контрагентов, может еще долги по платежам висеть, кому то что то не доплатили, а поставка была. сделайте сверку со всеми поставщиками. составmте акты сверки? подпишите их ОБЯЗАТЕЛЬНО, все станет ясно, по-другому никак не проясните. откуда краснота взялась.
Ну а дальше по ситуации, либо возврат ден средств, если поставка не возможна, либо оплата за произведенную поставку, либо той же "бух справкой" корректирующая проводка 76.5 -> 60

Да, видно хорошо у вас велся учет!! ! Проведите инвентаризацию по счетам, сделайте акт, оформите протокол комисии, издайте приказ и спишите остатки свыше 3 лет на 91счет.
По счета 68 и 69 обязательно должен быть акт с налоговой и пенсионным фондам. Там можно сразу при наличии акта закрыть расхождения.

Если огрехи не ваши, то тупо списывайте на 91. Только по сч. 68, 69 не плохо бы сверку с налоговой сначала сделать