Посоветуйте пожалуйста, как лучше сделать!

Если вы уже отчитались, если заказчикам вы ничего не предъявляли ( и от них никаких претензий не поступало, в части того, что вы им акты не давали) , то можете не волноваться. Все будет нормально.
Сделаете акты июлем, зачтете полученные авансы. Никаких штрафов.
Штраф может вам грозить если вы не выставите счет-фактуру на аванс.
Отсутствие счетов-фактур на аванс (частичную оплату) проверяющие могут расценить как налоговое правонарушение, ответственность за которое установлена статьей 120 Налогового кодекса РФ. Отсутствие счетов-фактур является грубым нарушением правил учета доходов, расходов и объекта налогообложения. Если поставщик не выставит счет-фактуру на аванс (частичную оплату) в том случае, когда это необходимо сделать (если реализация происходит позже чем через пять календарных дней после поступления аванса (частичной оплаты) от покупателя) , то ему грозит штраф в размере 5000 руб.
Если такое нарушение обнаружат в течение нескольких кварталов, то штраф составит 15 000 руб.
Если отсутствие счетов-фактур повлекло за собой занижение налоговой базы по НДС, то штраф составит 10 процентов от суммы налога, но не менее 15 000 руб.
Это следует из положений статьи 120 Налогового кодекса РФ и письма Минфина России от 6 марта 2009 г. № 03-07-15/39.
Счет-фактуру на сумму аванса (частичной оплаты) составьте в двух экземплярах. Первый экземпляр передайте покупателю, второй – зарегистрируйте в книге продаж (п. 18 Правил, утвержденных постановлением Правительства РФ от 2 декабря 2000 г. № 914). При этом графу 5а (6а) книги продаж не заполняйте (абз. 3 письма Минфина России от 25 августа 2004 г. № 03-04-11/135

Нужно посмотреть, когда фактически выполнены работы, согласовать с заказчиками, какие им даты на документах нужны, они должны быть одинаковы.
1) По НДС налоговая база не изменится, вы же на предоплату заплатили НДС.
2) По прибыли придется включить в доходы эту реализацию, возможно придется доплачивать налог на прибыль. Чтобы не было проблем, прежде, чем сдавать уточненкку по прибыли сосчитайте и заплатите пени и доплатите налог.
Ну, конечно, если заказчикам не важны даты, они наверно вычет по НДС взяли по счетам-фактуры на авансы, то тогда лучше не переделывать.
А вообще все бухгалтера в своей практике сдавали уточненки, ничего в этом страшного нет, еще раз повторюсь, главное перед сдачей уточненки, рассчитать и заплатить пени и доплатить налог, тогда штрафов не будет.
А камеральную проверку проводят в обязательном порядке, если вы показываете НДС по Декларации к возврату.

в бухучете-если не выполнены услуги-вы относите на 62/2"авансы полученные",если на упрощенке вуключаете в доходы за 2 квартал.