Подскажите, пожалуйста, по поводу выписки из главной книги

При встречной налоговой проверке вы предоставляете данные только по запрашиваемому контрагенту. Другие им не к чему. Золотое правило общения с проверяющими органми предоставлять не более того что от вас просят.
Если вы ведете бухгалтерию электронно в 1С бухгалтерии, то в разделе отчеты есть форма обороты счета (с пометкой главня книга) . Делаете такой оборот счета по 68, оборот счета 62, оборот 90 счета -главное выберите правильно период. Если у вас запросили за 2010 год -то делаете обороты с 01.01.10 по 30.06.10 -данные по отчетному периоду за который дата отчитываться не наступила, то есть июль, вы не предоставляете.
Встречные проверке при общем режиме вещь частая и не страшная. Удачи.

Просто напечатайте из 1С листы главной книги по этим счетам за требуемый период. И заверьте их печатью.
Главная книга - это обороты по счетам, синтетический учёт. Никакой аналитики там не может быть. Поэтому никаких контрагентов в главной книге не может быть в принципе. Обычно при встречной проверке запрашивают копии счетов-фактур, которые вы предъявили проверяемому контрагенту, выписку из книги продаж, книги покупок, копии платёжек, деклараций, т. е. те документы, которые подтверждают ваши отношения. Почему у вас просят главную книгу, не совсем понятно, т. к. не знаю, по какому налогу проверка.

Главная при без компьютерном учете - крайнеи необходимый элемент учета. Туда в конце месяца должны записываться итоговоые обороты по журналам-ордерам или мемориальным ордерам. В зависимости от выбранной предприятием системы учета. По не строились агригированные отчеты. Никакя аналитика не предусматривалась. По этому если исполнять формально их просьбу, то должны дать только обороты за период.

Но вряд ли стоит подходить к этому столь формально. Лучше всего уточнить у них самих. Скорее всего их интересуют операции конкретного предприятия. Выручку от них Вы должны были приходовать в корреспонденции Дт 62 - Кт 90, а исчиленный НДС Вы относили на Кт 68.2. Скорее всего нужно по каждому факту отпуска продукции или товара. Ну лучше уточните. Они хотят проверить правильно ли они взяли НДС на возмещение.