Дир-р использует личный автомобиль в служебных целях и естественно хочет списывать расходы.

Лучше комренсация за исползование личного авто для служебных поездок. Сделать приказ, и 1 200 или 1 500 руб. в месяц, без всяких путевых листов и чеков, относить на расходы, уменьшающие налоговую базу

Договор аренды, у налоговой не возникнет ровным счетом никаких вопросов если пропадет автомобиль, даже вместе с директором.
Только на жену его заключайте или родственника по доверенности.
И суммы можно списывать совместимые с зарплатой среднего руководящего состава.

http://www.pravcons.ru/publ17-05-2010-3.php
http://www.klerk.ru/buh/news/169293/
http://www.klerk.ru/cons/potapova/189507/

Плюс у компенсации - никакой бумажной работы, но минус на мой взгляд еще больше - слишком мальнькая сумма.
Плюс у договора аренды - сумма может быть любой (в предалах рыночных цен) - а ведь это расходы уменьшающие НО базу по прибыли. Минус - НДФЛ с арендной платы, и взносы в части оплаты труда водителя, куча бумажек - путевые листы, ГСМ....

с компенсации (определенной соглашением сторон трудового договора) не удерживается ндфл ст 217 п. 3, а с начислений по договору аренды удерживается
на потраченные гсм нужно расход подтвердить путевыми листами, творческая работа, сочинять маршруты куда ездил руководитель (водитель руководителя) и зачем это нам нужно было для нашей для работы
в любом случае должны иметься документы, подтверждающие принадлежность используемого имущества налогоплательщику

Считаю, что лучше договор аренды. В этом случае можно списывать все расходы по содержанию авто. И в случае, если будет большое расходование ГСМ, то можно оформить так, как будто несколько человек пользуются таким авто чуть ли не круглосуточно. Главное правильно всё оформить. Подробности и образцы документов могу выслать.