платит ли упрощенка ндс, если она в с-ф его выделила ошбочно?

отправьте покупателю исправленную счет фактуру с нулевым НДС и приложите письмо, в котором Вы объясните о своей ошибке)
Так вы избежите штрафов и пеней)

Заплатить надо, а декларацию подавать не надо. Пени не будет, а штраф при проверке может быть.

Платить придется, ту сумму которая указана в счете-фактуре. И декларацию придется подавать, что делать законодательство таково.
Я одно не поняла, а почему вы находясь на УСНО, выписываете счета-фактуры, а не счета?

Получается что да и налог и пени и штраф за несвоевременную сдачу, пока прошло не мноо времени после октября сдавайте и платите побыстрее.

ПИСЬМО
от 23 марта 2007 г. N 03-07-11/68
В связи с письмом о порядке применения налога на добавленную стоимость организациями, применяющими упрощенную систему налогообложения, Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики сообщает.
Согласно п. 2 ст. 346.11 гл. 26.2 "Упрощенная система налогообложения" Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организации, перешедшие на упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога, подлежащего уплате при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации.
Пунктом 3 ст. 169 гл. 21 "Налог на добавленную стоимость" Кодекса предусмотрено, что составлять счета-фактуры обязаны налогоплательщики налога на добавленную стоимость, реализующие товары (работы, услуги) на территории Российской Федерации. В связи с этим организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, при осуществлении операций по реализации товаров (работ, услуг) оформлять счета-фактуры не должны.
В соответствии с п. 5 ст. 173 гл. 21 Кодекса в случае выставления налогоплательщиком, перешедшим на упрощенную систему налогообложения, покупателю товаров (работ, услуг) счета-фактуры с выделением суммы налога на добавленную стоимость вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет. При этом вычет налога на добавленную стоимость по приобретенным товарам (работам, услугам) нормами гл. 21 Кодекса не предусмотрен. Источник: "Индивидуальный предприниматель: бухгалтерский учет и налогообложение", 2008, N 5

Теперь определимся с необходимостью представить декларацию по НДС в случае выставления счетов-фактур. Положениями п. 5 ст. 174 НК РФ предусмотрена обязанность налогоплательщиков, в том числе перечисленных в п. 5 ст. 173 НК РФ, представить в налоговые органы по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию. Рассматриваемая нами ситуация как раз квалифицируется по п. 5 ст. 173 НК РФ. Поэтому налоговые органы делают однозначный вывод о необходимости подачи налоговых деклараций по НДС "упрощенцами" при выставлении ими счетов-фактур. Соответственно, в случае их непредставления (или более позднего представления) возникает налоговая ответственность по ст. 119 НК РФ. Такой подход иногда применяется и некоторыми судебными органами (см. , например, Постановления ФАС ПО от 14.11.2006 N А65-6621/2006-СА1-7, ФАС СКО от 31.01.2007 N Ф08-6632/2006-2734А) . Но большинство их придерживается иной позиции. Они отмечают, что в соответствии со ст. 174 НК РФ обязанность подачи декларации по НДС предусмотрена исключительно для плательщиков этого налога, которыми субъекты упрощенной системы налогообложения на основании ст. 346.11 НК РФ не являются. Положения п. 5 ст. 173 НК РФ обязывают их лишь уплатить налог в определенных случаях, но не придают им статуса плательщиков НДС. Ответственность, предусмотренная ст. 119 НК РФ, применяется только к налогоплательщикам. Таким образом, в случае выставления счетов-фактур "упрощенцем" он не может быть привлечен к ответственности по ст. 119 НК РФ за непредставление декларации по НДС (Постановления ФАС ЗСО от 02.08.2007 N Ф04-5393/2007(37019-А03-41), ФАС ПО от 23.10.2007 N А65-7246/2007-СА2-9, ФАС СКО от 24.04.2007 N Ф08-824/2007-344А) .
Такой же позиции придерживается и ВАС РФ (Постановление Президиума ВАС РФ от 30.10.2007 N 4544/07, Определения от 01.08.2007 N 4544/07, от 27.08.2007 N 10053/07).

НДС, выделенный в счет-фактуре, вам нужно заплатить, подать декларацию НДС, но ни пени, ни тем более штрафы вам платить не нужно, т. к. вы не являетесь плательщиком НДС и ответственность к вам не применяется. Но, конечно, лучше вам поменять счет-фактуру с "без НДС".

Да НДС заплатить придется. На будущие не выписывайте сч. -ф. так как законодательство с упращенцов этого не требует.