Часть товара оприходована во 2 кв.,сейчас надо закрыть с/ф полностью и остатки оприходовать.Как будет правильно????

1)Попробуйте поставщика попросить разделить Т-Н и Сч. -ф. на две т. е. например: Т-Н. №10 и сч. -ф. №10 на сумму 100 000р. , на Т-Н №10 и сч. -ф. №10 на сумму оприходованного товара, а Т-Н №10\а и сч. ф. № 10\а на остальную сумму. Но если у них была проверка и они предоставляли сч-ф. проверяющиму органу то это невозможно.
2) Оприходовать товар той датой, когда приходовали его часть о и просто перездать декларации за предыдущие отчетные периоды. Лучше перездать самим чем Вас оштрафуют. Пени за то что вы не доплатили НДС, у вас не будет так как сумма к уменьшению.

Товар приходуется исключительно по накладной, счет-фактура это налоговый документ (используется только для вычетов, без накладной недействителен) . Сколько и какого товара пришло по накладной, столько и приходуется. Если вовремя не оприходовали это ошибка в бух. учете, исправьте ее. Хорошо различайте бухгалтерский и налоговый учет, это разные виды учета.

Товар должен оприходываться по накладной на момент его получения. Если товар был во 2 квартале оприходован Вам надо было взять на него счет- фактуру сразу. Если же товар получили по отдельной накладной дополнительно сейчас, то попросите счет- фактуру именно на этот товар. ( Т. е поставщик пусть выпишет 2 накладные и 2 счет- фактуры).

Почему частично приходуете товар..

Счет-фактура должна соответствовать накладной. Если товар не оприходован, значит и счет-фактуры не должно быть.

Если товар поставляется по разным счетам фактурам, то приходуйте каждую согласно даты на документе. А если часть товара не поставлена по одной из счетов фактур, то не подписывайте получение счет фактуры до полного прихода товара, требуйте изменить дату отгрузки поставщиком.